O plano de ressecção da mucosectomia é mais profundo do que o de polipectomia e a área ressecada é mais extensa. Enquanto que Pólipos são facilmente removidos pela aplicação simples de uma alça a frio ou diatérmica, muitas lesões neoplásicas requerem acessórios e técnicas especiais para conseguir um plano mais profundo e uma ressecção suficientemente larga.

Visto que os pólipos podem surgir em qualquer parte do tubo digestivo, a preparação para a polipectomia depende da abordagem endoscópica.Visto que é um procedimento terapêutico, com risco de hemorragia, é necessária a suspensão prévia de medicamentos que alterem a coagulação do sangue, como antiagregantes e anticoagulantes. No entanto, para isto deve-se informar ao médico que as prescreveu.

Vários acessórios e técnicas são utilizados. Na mucosectomia são usadas alças diatérmicas de material mais denso e resistente. O plano de ressecção mais profundo é conseguido através da injeção de solução salina para elevar a lesão.
Após a elevação a lesão é apreendida por uma alça conectada a um bisturi elétrico sendo realizada a sua ressecção.
A mucosectomia permite em muitos casos, a ressecção de uma área de superfície ampla, assegurando remoção completa da lesão.

Em lesões grandes esta técnica pode ser suficiente para remoção completa num único fragmento. Isto pode associar-se a aumento do risco de crescimento (recidiva) da lesão na área da cicatriz.

Este procedimento pode estar associado a perfuração (em cerca de 1-2% dos casos) e hemorragia (cerca de 5% dos casos). As perfurações e as hemorragias poderão ser tratadas durante a endoscopia. No entanto, alguns doentes necessitam de cirurgia para tratamento da perfuração. As hemorragias são normalmente moderadas, sendo a transfusão de sangue necessária em poucos casos. Em menos de 1% das mucosectomias pode ser necessário realizar cirurgia para parar a hemorragia.